自己免疫疾患においては、傷害する細胞は患者自身の免疫担当細胞である。しかし傷害しすぎると免疫不全となり日和見感染などにより生命の危機に至る。疾患のコントロールができる程度の量を投与することとなる。 主たる化学療法剤は
などで、いずれも核酸合成を阻害する。