厚生労働省が2008年度に実施した賃金構造基本統計調査によると、勤務医(非正規雇用者を含む)の平均年収は1159万円である。同調査によると、民間企業の労働者の平均年収は486万円であり、そのうち学歴が同程度の大学・大学院卒に限定しても624万円であるが、医師は国家資格職であり一般的なサラリーマンなどと比較するのは正しいとは言えず、弁護士などの国家資格職が比較対象とすべきである。
また、勤務医に限らず労働者の時間外勤務に関しては、労働基準法を大きく逸脱するケースが多いため正確な申告が出されていないと思われ、サービス残業や無給の拘束時間に関しては信頼できるデータはない。
なお、医師は認定医、専門医などの資格を維持するために学会費を支払い、定期的に学会に出席することを必要とされるが、これらの経費は勤務医の場合通常全額自己負担であり、旅費も学会費も通常経費として認められない。
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