日本の領土はすべて島から成っている。6852の島(本土5島+離島6847島)から成る島国である。
アジア・東アジアの中でも特に東方にあり、ユーラシアの東端にあたるため、欧米から極東・東洋などとも呼ばれる。全体的に弓形状であり、全面積は約37.8万km2(日本政府が領有権を主張する領域)で世界第61位である。国土の約70%が山岳地帯であり、約67%の森林率である。
太平洋の北西部にある領土は、本州・北海道・九州・四国などから成る日本列島を中心に、南に延びる伊豆・小笠原諸島、南西に延びる南西諸島(沖縄本島など)、及び北東に位置する北方四島(北方領土)など、離島を多く含み、全体として弧状列島を形成する。
周囲を太平洋、日本海、東シナ海、フィリピン海、オホーツク海などの海洋に囲まれる。本州と四国との間の海は瀬戸内海と呼ばれる。地上の国境線が無く、ロシア、北朝鮮、台湾、韓国、中国、フィリピン、アメリカと排他的経済水域が接している。また、南方にパラオ共和国、小笠原諸島の延長線上にミクロネシア連邦があり、太平洋を挟んでアメリカ大陸がある。沖合を暖流の黒潮、対馬海流、寒流の親潮、リマン海流が流れる。
領土問題のある地域が数箇所存在する。日本国政府が日本固有の領土とみなしている北方領土はロシアに、島根県に属する竹島は韓国に、それぞれ実効支配されている(北方領土問題は1945年、竹島問題は1952年以降)。その他、1968年以降、中国と台湾が、沖縄県石垣市に属する尖閣諸島の領有権を主張している。
自然地理的区分は、地質構造を基準に、本州中部を南北に縦断する糸魚川静岡構造線を境に、南西日本と東北日本とに大別される。付近では、ユーラシアプレート、フィリピン海プレート、太平洋プレート、北アメリカプレートがせめぎ合い、環太平洋造山帯・環太平洋火山帯・環太平洋地震帯と呼ばれる帯の一環をなしている。そのため、世界全体で放出される地震エネルギーのうち1割から2割が日本の周辺に集中すると言われているほど地震が頻発し、震度1や2クラス程度の地震なら、どこかで毎日のように起きている。また、火山活動が活発な事から火山性土壌が多く、これが日本列島の自然を豊かにした面もある。温泉が多い事も火山の恵みと言える。
河川は、利根川・最上川などが代表的であるが、大陸河川と違い、源流から河口までの距離が大変に短いこと、海抜高低差が急なこともあり、比較的流れが速い。集中豪雨が発生すると堤防が決壊し、人家・田畑に甚大な被害を及ぼすという短所もあるが、比較的新鮮な水が取水しやすいのも特色である。
周囲を海に囲まれた島国であることから、海上交易・漁業ともに盛んな海洋国家である。内海を含む領海を入れた領域の面積は約43万km2である。
日本政府が主張する日本の排他的経済水域(EEZ)は領土面積の約12倍である405万km2、領海とEEZを合計すると447km2であり世界では6位となる。ただし韓国が実行支配し日本が領有権を主張している竹島と日本が支配し中国が領有権を主張している尖閣諸島周辺海域についてはそれぞれの国家間で合意に至っていない。また、九州西方と東シナ海の領域については中国と韓国が自国の領海から延伸する大陸棚に関して権利を主張している。
EEZとは別に国連海洋法条約において排他的な海底資源権益が与えられる法的な大陸棚については、2012年4月に国連大陸棚境界委員会が「四国海盆海域」、「小笠原海台海域」、「南硫黄島海域」、「沖大東海嶺南方海域」の4海域を日本の大陸棚と認定した。
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