予防策としてBCG接種があるが、その実施状況は国により異なる。日本では実施されている。アメリカでは行われていない。ヨーロッパ諸国では行われている国もあるが、フランスなど中止した国もある。BCGを行うことのメリットは、小児の結核性髄膜炎と粟粒結核の頻度を有意に減少させることにある(有効性 80%)。しかし、成人の結核症を減少させるという根拠はない(有効性 50%)。いっぽうデメリットとしては、ツベルクリン反応を陽性化させてしまうため結核の診断が遅れることにある。結核菌の頻度が低い地域ではBCGを行うメリットは低く、むしろデメリットが大きいと考えられる。BCGを中止したスウェーデン、旧東ドイツ、チェコスロバキアなどは、中止後小児結核が増加した経緯がある。結核菌の頻度が高い(特に家族間感染が多い)日本などの地域では今後もBCGは行われていくと思われる。
かつて日本ではまずツベルクリン反応検査を行い、陰性反応が出た者のみにBCG接種を行う形をとっていたが、2005年4月1日に結核予防法が改定され、ツベルクリン反応検査を行わずに全員にBCG接種を行う形になった。
なお、日本では2007年3月31日をもって結核予防法が廃止され、結核については感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律(感染症法)で二類感染症に指定されて同法の適用を受けることとなるとともに(感染症法6条3項)、BCG接種については予防接種法(昭和23年6月30日法律第68号)で定められることとなった。
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